甲状舌管囊肿的治疗方式首选手术治疗，甲状舌管囊肿属于先天性疾病，是甲状舌管未闭在局部形成囊肿，通常位于舌骨上下，多数位于舌骨的下方。甲状舌管囊肿的手术无法进行美容切口，因为存在舌骨，而囊肿的蒂基本位于舌骨下方，若舌骨不完全切除，则会导致囊肿蒂难以完全切断，容易出现复发。

部分甲状舌管囊肿的患者在手术后会出现复发，所以应尽量彻底切除囊肿与蒂部，还需将舌骨中段切除。由于保守治疗无法完全消融，所以首选手术治疗，而激光或其他治疗均非较为适合的治疗方式。