蹲下站起来膝盖疼的原因主要有以下几种：

1、常见原因：髌骨半脱位、髌骨软化症和髌骨关节软骨磨损等；

2、滑膜皱襞症：有时髌骨关节的间隙中存在较大的滑膜皱襞，在蹲下起来时会出现弹响和疼痛；

3、半月板撕裂：无论是内侧半月板，还是外侧半月板，均会出现蹲下起来时疼痛，需进行进一步的检查和判断。通常专业的关节外科医生，或运动医学医生，在进行手法查体时，能够基本判断出大致的问题，必要时可拍X片、CT或核磁共振等，判断髌骨关节的位置、半脱位程度、髌骨软骨状况、半月板以及交叉韧带的情况等；

4、膝关节退变：老年人蹲下难以起身，或蹲下起来时疼痛，通常由膝关节退变进展到软骨磨损引起，即膝关节老化，通常与年轻人的病因不同，可以通过拍X光片进行鉴别。