服用甲氨蝶呤起效较慢，通常8-12周才能起效，所以甲氨蝶呤在临床上被称为慢作用的抗风湿药物。为了有效控制类风湿，通常会配合其他药物使用，尤其是快速起效的药物，使类风湿患者的炎症得到快速、有效的控制。

可以应用小剂量糖皮质激素，或注射生物制剂，包括肿瘤坏死因子单抗、白介素-6受体单抗等，起效较快，且控制炎症效果较明显。在应用3-6个月后，甲氨蝶呤已经完全起效，再逐渐减少其他药物用量。如果长期应用甲氨蝶呤，应注意相关不良反应，包括肝功能损伤、骨髓抑制，以及可能会引起的肺间质病变，所以用药时应进行长期临床监测。