先天性胆总管囊肿手术方式是切除扩张胆总管，将肠道空肠做空肠胆总管吻合，使胆汁能够顺畅进入肠腔，能够帮助消化，属于一个常规手术。一般而言，此手术风险并不是很大。

手术后并发症包括出血、胆瘘等，但这种情况一般发生的比较少。对于有炎症、感染，以及反复感染发作的胆总管囊肿，或者周围粘连很重的胆总管囊肿，手术风险就会增加，术后出血、胆瘘风险也会增加，对于术者要求会更高。对于有反复炎症发作的病人，建议到正规三甲医院肝胆外科做手术，可能会更加安全。