多发性肝内胆管结石属于复杂胆管系统疾病，可能会表现较为严重，因为结石分布部位越多，胆管累及节段越多，术后发生症状越多，会造成手术不能很好得到根治。因为很难同时在一次手术当中解决多节段胆道结石，造成手术的困难程度。尤其对于肝内胆管、胆管结石有时位置位于胆管远端，手术操作当中无法通过手段去把结石取出，只能通过牺牲切除部分胆管所在肝叶达到彻底切除结石目的。

但患者所受创伤较大，术后出现其它功能并发症的几率明显增大，造成处理较为困难。即使手术当中取净，术后再次在肝内胆管发生结石的复发可能性几率明显增加，因为成因多半是与胆汁内成分异常有关，所以不是光把结石切走就能够彻底解决肝内胆管结石。有时严重肝内胆管结石从外科手术角度处理较为困难，对于累及多节段甚至全肝的肝内胆管结石，部分患者甚至要进行肝移植手术才能彻底治疗疾病。