大蒜是杀菌剂，对甲沟炎有一定的缓解或杀菌作用，但是效果并不强。夏天通过食用大蒜在胃肠道可有杀菌作用，但是甲沟炎的细菌主要位于甲沟深部，食用大蒜可以产生表层的杀菌作用，但是并不能杀灭甲沟内部的细菌，所以大蒜治疗并不能够使得内部炎症得到治疗。同时甲沟的细菌类型非常多，大蒜作为一种食物，并不能杀灭所有的细菌，杀毒作用并不如常见的杀菌剂好。

常见的皮肤黏膜杀菌剂，如活力碘、碘伏、酒精的杀菌作用都要强于大蒜，所以并不推荐患甲沟炎时使用大蒜，可以使用正规的、比较成熟的皮肤黏膜杀菌剂或者口服抗生素，从而得到更好的治疗效果。甲沟炎形成的主要原因是由于各种原因引起的甲沟部位细菌性感染，感染主要是位于甲沟深部，浅表的细菌会扩散到深部，但是深部的细菌不容易引流出。由于受到甲沟致密的组织，如指甲非常致密，又有较多韧带进行骨牵连，不易使得炎症消散，而容易反复发生甲沟炎。