子宫内膜异位症可以侵犯全身任何部位，例如最常侵犯部位是卵巢，随月经周期出血，卵巢部位存在周期性出血。随时间延长，出血部位囊肿逐渐增大。卵巢囊肿增大以后一般B超可以发现，发病率第二名为盆腔腹膜，表现盆腔腹膜小异位病灶，此时B超一般无法发现。但妇科检查会在患者宫颈后穹窿出现痛性结节，可以诊断盆腔子宫内膜异位症。

另外子宫内膜异位症可以侵犯到全身任何部位，例如鼻黏膜、皮肤、肺部、膀胱以及输尿管、直肠。较小病灶一般通过B超无法发现，主要通过结合患者病史、体格检查诊断有无子宫内膜异位症。