食管癌化疗的副作用与绝大多数消化道肿瘤化疗的副作用相似，比如恶心、呕吐、食欲不振。有的患者使用化疗药物以后会有脱发、骨髓抑制，比如查白细胞、血小板、血红蛋白会降低。

如果食道癌对于所选用的化疗方案非常敏感，本身又是溃疡型的食道癌，一定要警惕化疗以后溃疡大出血，甚至有穿孔的风险，建议患者尽早到医院就诊。早期食道癌在肿瘤退缩不敏感的情况下或者是化疗初期，症状可能呈现一过性加重，比如患者无法进食或饮水，这时一定要对患者做好心理疏导、沟通，告知患者症状在化疗数天以后会缓解。