下丘脑垂体功能减退实际上很多激素水平可能都会受影响，下丘脑、垂体，以及下位的靶线，即下丘脑-垂体-靶腺轴具有多个通路，包括下丘脑-垂体-甲状腺轴、下丘脑-垂体-性腺轴、下丘脑-垂体-肾上腺轴。当下丘脑垂体功能受到影响时，下位靶腺的激素水平通常也都会分泌低下，出现功能不足，因此需要判断哪个轴出现问题，继而进行相应的治疗，通常是采取替代治疗。

比如下丘脑-垂体-甲状腺轴受到影响，这时替代的是靶腺激素，即甲状腺激素。如果下丘脑-垂体-肾上腺轴受到影响，这时替代的是肾上腺分泌的糖皮质激素。当下丘脑-垂体-性腺轴出现功能减退时，可能替代的激素不仅局限在性腺分泌的激素，如雄激素、雌激素，还要根据患者有没有生育需求。

如果患者没有生育需求，仅需要维持第二性征，替代雌激素或者雄激素即可。如果有生育需求，还要替代下丘脑和垂体分泌的激素，这时可能要替代GnRH类的药物，使患者出现正常排卵，或者正常的精子生成，才能够使患者完成生育需求。所以针对不同的下丘脑垂体功能减退，以及不同的需求，替代不同的激素。