目前认为幽门螺杆菌的感染主要与胃肠疾病有关系，是胃炎的主要病因。因为幽门螺杆菌感染后，会靠着细菌自带的毒素，对胃黏膜造成直接伤害，同时也会影响到胃内胃酸的分泌。如果胃内胃酸分泌过高，胃酸分泌不平衡，过多的胃酸就会损害胃黏膜。所以幽门螺杆菌感染的病人，无论是否有症状，胃内都是有明显的活动性炎症。此外还有些病人，可能会得消化性溃疡，尤其是胃十二指肠溃疡。特别是十二指肠溃疡的病人，几乎100%的病人都合并有幽门螺杆菌感染。如果根除幽门螺杆菌，不仅溃疡愈合，溃疡复发的几率也会大大减少。对于多数消化性溃疡的病人，根除幽门螺杆菌以后，溃疡就被治愈。除此以外，长期服用非甾体抗炎药，如阿司匹林，很多人在吃阿司匹林，抗血小板治疗，保护心脑血管。如果这些病人有幽门螺杆菌感染，对胃黏膜有损伤的因素加起来以后，就更容易发生胃的疾病，甚至会出现消化道出血。

此外，幽门螺杆菌长期慢性感染造成胃内炎症，如果在胃癌高发地区，再加上饮食习惯的较差，或家庭有胃癌背景的情况下，有可能得恶性疾病，如胃癌、胃淋巴瘤等。所以幽门螺杆菌感染的危害较大，有幽门螺杆菌感染而又不存在根除治疗的不利因素的情况下，应该接受根除治疗。