脑脊液检查本身不痛苦，但把脑脊液要取出来需要有创操作，最常见的操作办法是腰椎穿刺。腰椎穿刺的操作办法是人躺在床上头膝环抱位侧身，暴露腰部的椎间隙，用细的钢针一般在腰3/4或腰4/5之间的椎间隙穿进去，刺破蛛网膜，达到蛛网膜下腔，从这里面抽取脑脊液进行化验。

该穿刺过程需要打局麻药，一般不打局麻药会非常疼痛，但是打了局麻药以后病人应该可以耐受，也不是非常疼。做完腰椎穿刺以后去枕平卧6小时，一般病人便不会再有疼痛感觉。