超声内镜检查的意义首先是微型的超声探头是高频探头，分辨率非常高，能清楚显示只有3mm左右正常胃壁的五层结构。对于胃食管和十二指肠隆起性病变的层次来源以及鉴别诊断，有CT和B超都没有办法比拟的价值和效果。即便是黏膜来源的癌，做超声胃镜也可以评估侵犯深度，对病变做出比CT、磁共振甚至超声更准确的肿瘤T分期。超声内镜对T分期，对肿瘤本身的评估优于CT等其它检查。
另外，非常重要的是超声胃镜对胆胰病变的诊断也有不可替代的作用。胆总管下段、十二指肠乳头或胰头区，也就是壶腹区域是影像学检查最困难的部位。超声内镜对上述部位的病变，尤其是微小病变的诊断有不可替代的作用。另外，可以做超声胃镜引导下穿刺活检，也是安全有效的确诊的方法。
