阴囊结石与睾丸结石区别较大。阴囊结石属于较为少见的疾病，主要是由于先天性的阴囊病变，或阴囊囊肿引起的继发性阴囊内结石样改变。阴囊结石病变在阴囊部位，而睾丸结石的病变部位在睾丸，结石在睾丸实质内。睾丸结石引起的原因可能是睾丸存在炎症，导致睾丸的钙盐沉积或炎症后局部瘢痕性改变。阴囊结石和睾丸结石，通常都无明显的临床症状。
在炎症发作期，阴囊结石可能局部存在红肿、疼痛等。在阴囊的皮肤可以摸到结节样改变，拍X线会发现阴囊内存在不透X线的阴影。睾丸结石通常进行B超检查时，可以发现睾丸内存在高回声的影像学表现。阴囊结石和睾丸结石不等同于泌尿系统的其他结石，通常不会引起血尿、恶心或呕吐等。
