胃食管反流症不及时进行治疗，胃酸会反复腐蚀食管，使食管里的鳞状商品发生大肠样化生，导致食管癌前病变。

部分患者食物反流至口腔或鼻腔，会导致鼻炎，鼻息肉，龋齿等症状，反流至食管会引起哮喘，导致肺纤维化，导致肺部感染。最终导致肺心病等一系列恶心循环。