慢性乙型肝炎迁延不愈可发展为肝纤维化，肝硬化，甚至原发性肝癌。其他器官也相应受到损害，常见并发症有肝源性糖尿病、脂肪肝、乙肝相关肾炎、关节痛、关节炎等。重症乙型肝炎主要并发症为肝性脑病、肝肾综合征、感染、消化道出血等。