早上起来后手指关节疼痛主要分为两大类原因，具体如下：

1、手指关节病变：如果存在类风湿关节炎、年龄大的患者可能有骨性关节炎，在早晨刚起来时，关节会有僵硬、疼痛的感觉。类风湿关节炎通常是双手关节均产生疼痛，而且是多个手指同时产生疼痛。因为类风湿疾病是自身免疫性疾病，简单而言是全身性疾病，所以通常累及多个关节、多个手指关节。如果是骨性关节炎，一般是发力较多的手指，比如食指、拇指、中指这些关节的指间关节，因为发力容易劳损、磨损，易形成骨性关节炎；

2、腱鞘炎：肌腱是带动手指活动的关键结构，在腱鞘中滑动，随着年龄增长或者劳累等其他不良因素，会产生劳损性的问题，即无菌性炎症。有腱鞘炎后，在早晨相对软组织血供未活动开时，会感觉疼痛、僵硬，活动手指时产生卡顿的现象，可能是腱鞘炎，甚至狭窄性腱鞘炎。