大多数情况下囊肿通常是良性病变，髋关节囊肿需要根据生长部位决定如何治疗。若长在髋臼上，通常是因为先天性髋关节发育不良，导致骨性关节炎所合并囊肿。若髋关节骨关节炎没有发展到需要手术的程度，定期观察即可。若髋关节囊肿长在骨头内，通常情况下称为滑膜囊疝，此种情况通常不引起症状，不需要进行手术。若长在肌肉软组织内，也可称为滑膜囊肿，不引起疼痛症状，不需要进行手术。
当髋关节囊肿长在滑膜内引起关节疼痛，或长在股骨颈区域影响股骨颈强度，此时应该进行手术将囊肿切除。若在股骨颈的囊肿，需要刮出籽骨，并采用内固定帮助骨折进一步愈合。若长在滑膜内影响髋关节活动，可以进行髋关节滑膜囊肿切除术。
绝大多数髋关节囊肿不需要手术，但需要定期复查，即0.5-1年进行核磁共振检查，观察囊肿发展速度。若观察1-2年，囊肿既不变大也不缩小，没有产生症状，可以终身不处理。若囊肿随着观察过程逐渐增大，甚至产生症状，可以采用手术方式将其切除，药物不能治疗髋关节囊肿。
