新生儿黄疸主要对中枢神经系统的危害，间接胆红素血症，未结合胆红素具有脂溶性，较容易进入神经细胞，可引起神经细胞代谢功能障碍，引起急性胆红素脑病，超过一周，则为慢性胆红素脑病，即核黄疸，可导致中枢神经的损害。进行核磁共振、CT，可见基底节的高信号。慢性胆红素脑病引起系列的神经系统后遗症，包括核黄疸；听力的异常，共济失调；智力的障碍；牙釉质发育不全。