新生儿黄疸蓝光治疗的副作用较小，是相对较安全的治疗方法。蓝光治疗的副作用有，可能会引起低热、皮疹、腹泻、核黄素缺乏等。可能导致不显性失水增加，照蓝光时要多喂水。皮疹在不照蓝光后可消退。腹泻可能是胆红素通过肠道的排泄，刺激肠道蠕动增加，引起排便次数增多。蓝光照射治疗时，会破坏核黄素，适当的补充核黄素即可。