儿童卵黄囊瘤对化疗较为敏感，即使患者有转移也能够治疗。转移分为局部转移和远处转移，发生卵巢的卵黄囊瘤，如果术中或者术前破裂，就可以发生腹腔内的种植，然后再通过血运或淋巴的关系转移到远处。发生在睾丸的卵黄囊瘤，随着精索的扭转，肿瘤也可以沿着腹股沟淋巴结转移。
对于已经有转移的卵黄囊瘤，患者在明确诊断之后，可以用影像学的检测方法判断是局部转移，还是远处转移。确定转移之后应给予患者新辅助化疗，也就是将远处的转移灶清除干净，将近处周围局部的转移尽量缩小，大面积的使肿瘤细胞减少，这时再进行手术。手术切除同侧卵巢以及附件，如果发生在睾丸，则进行睾丸以精索附件的同时切除，切除干净之后再进行术后的化疗，术后化疗要有一定的疗程及强度。
患者经过MDT治疗(多学科综合诊治)，加上严密的随访，局部转移的患者可能还有80%-90%的几率能够长期治愈。即便是远处转移，也可以有65%-80%的患者能够得到治愈。
