胃间质瘤主要从卡哈尔氏间质细胞分化而成，基因检测主要表现为C-kit和PDGFR-α基因的突变，部分患者为不突变的野生型。整体是从良性到恶性逐渐演变的过程。肿瘤﹤2cm基本为良性。肿瘤﹥5cm，细胞核分裂像在每50个高倍镜视野下﹥5个为恶性，危险度从低级发展为中高级，胃间质瘤转移和复发的概率明显增加。