胸腺法新属于一种免疫调节药，目前在临床上使用耐受性良好，且并没有发现十分严重的危害，即尚未发现特别严重的不良反应。但在药物说明书中提到相关的不良反应，如因为胸腺法新常用的剂型是注射剂，所以部分患者可能出现注射部位的不适。部分患者，如慢性乙型肝炎的患者，在接受胸腺法新治疗时，可能出现转氨酶水平的暂时波动，若波动低于基础值的2倍，可以继续在医生的指导下使用，但需要加强监测，若进一步表现出更严重的肝损伤，应暂停用药。

同时胸腺法新也存在禁忌证，如服本品中的成分过敏或正在接受免疫抑制治疗的患者，如器官移植的患者，均禁忌使用。胸腺法新是处方药，需要在医生指导下使用，虽然通常耐受性较好，但是用药时应注意不良反应和禁忌证。