非浸润性膀胱肿瘤的治疗，通常会采用经尿道的微创办法进行膀胱肿瘤切除，并发症相对来比较少，或者并发症危害比较小，最常见的可能是造成手术之后出现血尿，或者出现感染引起尿道刺激，也可能造成下腹部不适的感觉。都可以通过积极的内科治疗或物理方法治疗，进行预防或改善。严重的并发症，比如膀胱在手术治疗的过程中出现穿孔或者损伤了周围的血管、脏器。

有一些患者患的膀胱肿瘤是浸润性的膀胱癌，浸润的深度比较深，病理类型的恶性程度也比较高，会进行全膀胱切除手术，可能会涉及到尿道改道的方式，不同的尿道改道有不同的并发症，可能会出现切口愈合不良，甚至出现尿瘘，出现肠梗阻，也可能会出现感染、出血。如果做尿道改道手术引起相应的并发症，需要在手术当中更加细致地注意预防吻合口瘘或者肠道相关的并发症。手术之后也要注意预防排尿困难或者尿失禁，有可能会出现比较严重的并发症。

随着手术技术的提高和现代医疗水平的提高，很多并发症发生的几率都极大降低，并发症的发生是极少数，绝大多数病人在手术过程中都非常顺利。