患霉菌性食道炎后大部分患者会痊愈，但是导致霉菌食道炎的原因要进一步追踪，比如患有艾滋病、长期服用抗生素，出现免疫低下导致霉菌性食管炎，所以对于霉菌食管炎病因追溯比较重要。如果患艾滋病常伴有霉菌性食管炎，甚至出现霉菌性肠炎，还有带状疱疹病毒感染等肌肤性感染疾病，对病因的治疗比较重要。

对于霉菌性食道炎，除增强免疫力的治疗方式，还可以服用抑制霉菌生长的药物，比如目前常用的大蒜素软胶囊。霉菌性食道炎常是患者免疫力低下的表现，提高免疫力可以达到痊愈，所以不用过于紧张，在医生指导下治疗，绝大多数预后较好。针对霉菌性食道炎病因的治疗至关重要，可以避免产生霉菌性食道炎。