对于脑梗塞患者进行CT或核磁共振检查，需依据具体情况进行判断，两项检查并不冲突也不矛盾，作用有所不同。从医生角度而言，若怀疑患者出现脑梗死但并没有进行检查时，需进行CT检查，因需要与脑出血进行鉴别。脑出血与脑梗死患者临床表现相似，但治疗方案不同。
对于出血判断，进行CT检查比核磁共振更好、更敏感、快捷。如果患者出现脑出血，后续需针对脑出血进行治疗，而无需急于进行磁共振检查。若患者并非脑出血，可进行磁共振检查明确梗死部位、脑梗面积、是否存在缺血半暗带以及是否存在介入治疗指征，此时进行CT检查无法明确。因此，在不明情况下需优先进行CT检查，已经明确脑梗情况或者进行CT检查排除出血时，建议患者进行磁共振检查，明确疾病具体情况，同时对治疗有一定帮助。
