子宫内膜异位症早期诊断较为困难，因为部分早期子宫内膜异位症的患者并无任何临床症状，既无痛经，也无月经量多。部分患者会因为不孕症就诊，医生需检查排查具体原因，可能会确定为子宫内膜异位症所引起。

很多疾病早期无任何临床症状，患者可能会忽略。该病经常在不孕症的患者检查时发现，此时已不属于早期，因为已影响到妊娠，患者不能自然受孕。还有痛经的患者，因为痛经就诊于妇科，通过B超检查子宫大小、卵巢情况，结果发现卵巢有巧克力囊肿。对于巧克力囊肿则需要根据患者需求进行处理，当囊肿长到5cm以上时则需手术干预治疗。