小三阳代表患者感染乙肝病毒，HBV-DNA的数值代表病毒载量，其数值越低越好。不同实验室的载量正常临界值不同，部分是500IU/ml，部分是50IU/ml或20IU/ml。对于小三阳HBV-DNA阴性，也不能代表体内完全清除乙肝病毒，即使血液中检测不到HBV-DNA，但肝组织中可能存在HBV-DNA。

在免疫力低下时应用免疫抑制剂等，HBV-DNA可以再次阳性。所以临床上应用抗病毒治疗时，HBV-DNA即使转阴，也要坚持抗病毒治疗。如果停止口服核苷类似物，HBV-DNA有反弹风险。