硫糖铝主要的不良反应是便秘或腹泻等现象，还包括偶尔会出现恶心、口干等症状。所以在硫糖铝服用过程中需要注意，如果出现便秘的不良反应，可以适当加服少量的酶乳等清泻剂，对出现胃痛比较剧烈的患者，可以加适量的抗胆碱药物，疼痛减轻后再单独服用硫糖铝。如果长期大剂量服用硫糖铝，可能会导致体液中的磷缺乏，此外对肝功能不全或肾功能不全以及透析的患者，要注意慎用或不用。

硫糖铝可以和溃疡部位的渗出蛋白结合，从而形成附着于溃疡表面的复合物。此外在体外试验中发现硫糖铝白蛋白膜具有抑制氢离子扩散的屏障作用，在临床研究中发现患者在溃疡治疗过程中，如果服用推荐剂量的硫糖铝，可以使胃液中蛋白酶的活力下降，此外硫糖铝在体外试验中还可以吸收胆盐。这就提示硫糖铝通过形成附着于溃疡表面的复合物，使得溃疡部位免受胃酸、胃蛋白酶和胆炎的损伤，从而发挥其抗炎的药理作用。