化脓性中耳炎主要与特殊细菌感染引起的中耳炎相鉴别，如结核杆菌、绿脓杆菌引起的中耳炎等。主要通过病史询问，细菌培养、涂片观察，听力水平测试，颞骨CT扫描、核磁共振等方式观察病变范围，最终结合以上结果进行综合鉴别。此外，还应与耳内肿瘤性疾病，如中耳癌进行鉴别。中耳癌病情进展更为迅速，对周边骨质及听力损坏较为严重。