核磁共振可检查全身实质性器官，如脑、脊髓、肝脏，以及部分盆腔结构，可以检查出直肠癌等疾病。磁共振对软组织密度分辨率较高，故对实质性器官的病灶和解剖结构显示比较清楚。磁共振在神经系统检查方面有优势，通过DTI扫描序列可清楚地显示神经纤维走行。

此外，磁共振还可检查乳腺，都可以显示清楚。总之，磁共振检查对实质性器官检查具有绝对优势。