X线和CT检查均具有辐射，而磁共振检查无辐射。X片主要用于消化道、泌尿道、乳腺以及骨骼的检查，对神经系统、头颅的检查效果不佳。CT适用于全身检查，尤其对肺癌筛查效果较好，磁共振检查也适用于全身检查。

CT可用于颅脑的检查，可看到脑室结构，对脑实质显示不清楚。磁共振图像会清楚的分出黑色、灰色、浅灰色、深灰色，对脑实质结构层次显示比CT更清楚。总之，CT、X线和磁共振优势不同，磁共振更适合于检查神经系统，CT更适合检查肺部。