先天性胆总管囊肿术后注意事项如下：

1、注意饮食：饮食宜清淡，多食用易消化食物以及高热量、高蛋白、高维生素的食物，忌食辛辣食物如辣椒、酒类等；

2、术后复查：因患儿术前多有肝功能异常，肝脏功能有损害，通过手术将囊肿切掉，把胆道和肠道改道，以解除胆道梗阻，所以建议术后两三个月复查肝功能，观察肝脏功能恢复情况。