卵巢巧克力囊肿的外形如巧克力样，指的是子宫内膜异位囊肿。子宫两侧各有一个卵巢，当子宫内膜长在宫腔内，顺着输卵管异位到卵巢部位时会来月经，属于有活性的内膜，周围形成纤维素包裹，形成血包，有形成分被吸收后，剩下的含铁血黄素变成陈旧血，颜色如巧克力色，所以称为巧克力囊肿。

长在卵巢部位的子宫内膜异位囊肿较常见，可以一侧长几个或者每侧都有，还可以异位到盆腔腹膜上。巧克力囊肿在临床上需要手术治疗，因为囊肿会逐渐侵蚀正常卵巢，如果不处理会越长越大，甚至破裂在盆腔内，如果囊肿时间较长，如10-20年部分患者会表现为囊肿恶变，所以巧克力囊肿需要手术治疗。