甲状腺囊肿分为单纯囊肿和复杂性囊肿的治疗。单纯囊肿指囊肿内全部为液体，囊肿壁光滑，无实质性组织。

单纯囊肿治疗较简单，可进行硬化治疗，超声引导下用针将囊肿内液体抽出后，注射硬化剂，达到充分化学消融后将硬化剂抽出。

复杂性囊肿为囊肿壁上存在实性结节，单纯硬化只作用于表面，需进行消融治疗，在超声引导下将消融针插入囊内结节中，通过热消融进行灭活。

另外，囊性部分治疗包括两种方式，继续硬化治疗和单纯进行热消融治疗。