母乳性黄疸的发病机制尚不清楚，可能与母乳内缺乏一种促进胆红素代谢的酶所致，从而引起小儿肠道内的胆红素不能正常排泄，由于小儿肝肠循环的存在，胆红素被重新吸收回血液。母乳性黄疸可以给小儿应用双歧杆菌，改善肠道正常菌群，促进肠蠕动，加速胆红素的排出，对母乳性黄疸的治疗有较好作用。母乳性黄疸随着小儿自身能够生成促进胆红素代谢的酶以后，黄疸可以逐渐消失，一般在出生后三个月左右可以完全消失。