病毒性脑炎的治疗需根据患者发病的症状及严重程度制定方案。病毒性脑炎早期出现呼吸道感染、外周感染或病毒感染症状时可口服抗病毒的药物，控制感染症状。普通的病毒性脑炎，可激素、抗病毒药物治疗，重型由病毒感染继发的自身免疫性脑炎需用激素、丙球、血浆置换等治疗，如效果不佳可用免疫抑制性药物治疗，如美罗华、环磷酰胺。