病毒性脑炎的恢复，每个人情况不同。病毒引起炎症反应，对脑组织造成的损害程度不同，预后也不同。若病毒性脑炎只影响少数脑组织或只影响到脑膜，在临床急性期只有头晕、头疼或发热，无特别严重神经功能缺损，经过积极抗病毒治疗或减轻炎症反应治疗2-3周或出院后不再有其它神经功能缺损症状，也不再复发，预后比较好，也恢复较快。

部分病人病毒损害较严重，在急性期有高热、意识障碍、神经功能缺损也较严重以及癫痫发作，且病毒对脑细胞破坏较严重或神经细胞炎症反应和损伤、水肿都较严重，即使经过积极治疗也会遗留后遗症。有些病人会出现神经功能损失、认知功能障碍或运动功能障碍，因此预后和自身病情有一定相关性。