病毒性脑炎患者的治疗与病程多样化及严重程度有关，较轻的病毒性脑炎，一般7天可出院，继续口服抗病毒药物巩固治疗。如病情较严重，合并癫痫发作、舞蹈症、四肢无力等症状需做康复治疗，疗程一般2-3周。病毒感染继发自身免疫性脑炎患者，如对一线药物敏感，疗程约2-3周，如对一线药物或二线药物不敏感，治疗时间较长。