子宫内膜异位症的发病原因目前尚不明确，但目前存在不同的假说，如经血倒流假说和子宫在位内膜决定论。如果患者出现阴道闭锁、阴道横隔等，则其经血会倒流到腹腔，但部分正常女性也会出现经血倒流，泌尿系统或者胃肠道的子宫内膜异位症等，则经血倒流假说无法解释。子宫在位内膜决定论，即因为某些部位本身存在生长潜能的干细胞，在遗传或免疫因素下生长为子宫内膜。