细菌感染性胃肠炎需要进行抗菌治疗，在此种情况下进行抗菌治疗存在较明确的用药指南，细菌性胃肠炎最常见原因，比如沙门氏菌感染或者大肠杆菌感染等，此时可以使用较常用的药物，比如喹诺酮类的氟哌酸、左氧氟沙星、莫西沙星等，也可以选择氨基糖苷类药物，比如庆大霉素，还可以服用甲硝唑等。
但是需要注意，喹诺酮类抗菌素，由于其能够影响骨质代谢，在说明书里不建议18岁以下年轻人或者儿童服用，在服用喹诺酮类药物时需要注意。
另外，对于细菌性感染胃肠炎，除可以服用抗菌素外，还需要给予对症处理。如果腹泻次数较多，需要避免出现电解质紊乱或者脱水情况，此时需要尽可能多饮水，适当补充矿物质、电解质等。还可以服用促进黏膜修复、止泻等药物缓解症状，常用比如蒙脱石散，为较好选择。
