耳廓囊肿手术因为需要在环境干净、清洁的手术室进行，所以患者通常需要住院。耳廓囊肿因为没有囊壁，所以并不是真正意义上的囊肿，是一种软骨间的积液，手术需要切除囊腔的前壁软骨，切除后还要在囊腔的地方放置引流片，并使用绷带加压包扎2-3天。

由于耳廓囊肿手术对手术环境要求比较高，同时耳廓软骨的抗感染能力较差，因此如果在门诊切除囊肿，一旦造成感染，并引起化脓性软骨膜炎，可能会产生无法挽回的后果。因为耳廓软骨膜炎导致软骨吸收、破坏，可形成菜花耳，因此一旦形成便很难保证患者耳廓的外形。