先天性腰椎骶化无需进行特殊治疗，但本病容易引起腰部疼痛，故患者平时应尽量避免腰椎过度劳累，避免过度负重运动。正常人有五节腰椎，下面连接骶椎，形成一个整体。如果发生先天性腰椎骶化，则第五节腰椎和骶椎之间形成骨性融合，腰椎活动范围会减小，会对腰椎的生理功能有一定影响。

此外，第五腰椎和骶椎发生融合，尤其是侧方融合，可能导致腰椎第五根神经走行空间变小而受压，导致神经压迫症状。此时首先要选择药物治疗、理疗等保守治疗的方式，以缓解症状，保守治疗无效的情况下再进一步考虑进行神经减压手术治疗。