手术是尿道下裂唯一的治疗方法，手术方法需要家长、医生达成共识，轻度、中度尿道开口在阴茎干、远端可选择做一期成形，特殊情况需要分二期进行手术，很严重的尿道下裂，如会阴型、阴囊型、阴茎阴囊有转位的建议分期进行手术。阴茎矫直后再做尿道，成功率相对较高。尿道下裂的手术时间是半岁至一岁，制定手术时间的依据是半岁内阴茎没发育，一岁半时发育较好。