间充质软骨肉瘤的诊断，由肿瘤医师或者骨科医师结合患者的病史和体格检查进行印象诊断，在此基础上进行影像学检查，可以初步诊断间充质软骨肉瘤。对于确诊还需要进行病理学检查与其他类似恶性肿瘤相鉴别，进行穿刺活检或者手术切开活检，病理医师通过显微镜观察肿瘤组织细胞形态可以最终确诊。对于难以鉴别的肿瘤细胞，可进行免疫组化鉴别。