膀胱疼痛需明确病因，然后针对病因进行治疗。常见原因为泌尿系统感染，通常患者伴有尿频、尿急、尿痛、尿液浑浊，有些患者严重时还可伴有肉眼血尿，尿常规中白细胞水平可超标。确诊后，应采用敏感抗生素进行治疗，常用的抗生素包括喹诺酮类药物，主要为沙星类药物，如诺氟沙星、氧氟沙星、莫西沙星等，还有头孢二代抗菌素如头孢呋辛、头孢三代抗菌素如头孢地尼。此外，还可采用中药和中成药配合治疗，常用中成药为热淋清、泌淋清、银花泌炎灵等，常用中草药为金钱草、车前草等。
除泌尿系统感染外，还可能是膀胱频繁发作痉挛，导致患者出现膀胱区疼痛，通常继发于手术或见于膀胱过度活动症。患者可采用解除膀胱平滑肌痉挛的药物，常用的药物包括M受体阻滞剂，如托特罗定和索利那新，以及β3受体激动剂，如米拉贝隆。
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