食管囊肿有一定风险，囊肿不断增大会压迫周围，如压迫气管会造成呼吸困难。部分患者可伴随喘鸣。若囊肿内分泌的液体不断增多会造成出血，极个别还会出现感染。一旦感染破溃，就会形成严重并发症，因此需及时治疗。其治疗方法可通过胸腔镜微创来进行手术切除，在手术过程中，将黏膜层剥除干净，尽量做到无残留，以免残留存在形成新囊肿。