临床建议舌咽神经痛早期用药物治疗，观察1-2年后，若病情逐渐加重，则需手术治疗，手术治疗的方法分为舌咽神经切断术和血管减压术。舌咽神经切断后会出现短期的声音嘶哑、吞咽呛咳等较为严重的并发症，一般不建议采用；血管减压术是寻找并分离压迫舌咽神经的血管，在神经与血管间垫一个垫棉，使血管不再直接压迫舌咽神经，并发症相对较少。