大部分情况下舌咽神经痛术后可能没有任何后遗症，但手术毕竟有风险，患者可出现极少见的声音嘶哑、面神经功能障碍、局部梗塞等后遗症，具体如下：

1、舌咽神经本身负责咽喉部感觉以及吞咽功能，所以术后患者可能会出现一过性吞咽障碍、声音嘶哑；

2、舌咽神经再往上处可能引起同侧面神经功能障碍及听神经功能障碍，但发生几率很低；

3、如果病变涉及脑血管因素，出现局部梗塞、缺血或出血的患者可能有较严重甚至灾难性后果，但是发生几率更低。

总体来说，舌咽神经痛患者手术治疗后大部分情况下没有特别严重的并发症。