早上起来小腿肌肉酸痛的原因主要有以下几点：

1、寒冷刺激或受压、劳累：夜间小腿受到寒冷刺激或长时间受压、前一天过度劳累，都可引起小腿肌肉酸胀。如果是因为夜间受到寒冷的刺激，或前一天过度劳累引起的肌肉酸痛，在运动后需做好肌肉放松，平时睡觉时注意关节、肌肉保暖；

2、腰椎间盘突出压迫坐骨神经：也可以引起小腿肌肉酸痛。患者需尽量睡稍硬的床，口服如塞来昔布、依托考昔、布洛芬等非甾体消炎药，加上甲钴胺片，综合治疗腰椎间盘突出压迫神经所引起的小腿肌肉酸痛。另外患者也可口服活血化瘀的药物，解决肌肉酸痛症状；

3、下肢静脉回流不畅：下肢血管静脉回流不畅导致的血液抑制，以及下肢血液循环不畅引起下肢功能性的缺血，也会引起小腿肌肉酸痛。患者应到血管外科进行治疗，口服活血化瘀、预防血栓的药物，改善下肢的血液循环；

4、小腿占位性病变：也可引起的小腿肌肉疼痛。如果核磁共振发现小腿有占位性病变，如血管瘤、纤维瘤及神经纤维瘤等，需通过手术方式切除，才能解决早上起来小腿肌肉酸痛问题。

所以如果早上起来小腿肌肉酸痛，患者应到医院做腰椎的核磁共振检查，及下肢的血管静脉B超。必要时还可做小腿的核磁共振检查，排除小腿有无占位性病变引起的小腿肌肉疼痛。