先天性巨结肠是一种比较严重的先天性疾病，绝大多数患儿均需手术治疗，否则患儿容易出现肠梗阻、腹膜炎、小肠结肠炎、全身抵抗力下降、容易感染等并发症，也容易出现贫血、营养不良等全身症状。先天性巨结肠的手术方式有许多种，但目前来讲没有一种方式是十全十美的。先天性巨结肠手术以后的并发症，较别的疾病多，如污粪、大便失禁、便秘复发、术后小肠结肠炎等，但是总的来讲，先天性巨结肠并非不治之症，只不过手术方式、术后的管理比一般的疾病要复杂一些。而且先天性巨结肠在小儿年龄越小的时候治疗，效果会越好。如果不及时治疗，患儿到了将近十岁甚至十多岁才治疗，治疗效果会大打折扣。